Jacob portman, 16 ans, écoute depuis son enfance les récits fabuleux de son grand-père. ce dernier, un juif polonais, a passé une partie de sa vie sur une minuscule île du pays de galles, où ses parents l'avaient envoyé pour le protéger de la menace nazie. le jeune abe portman y a été recueilli par miss peregrine faucon, la directrice d'un orphelinat pour enfants « particuliers ». selon ses dires, abe y côtoyait une ribambelle d'enfants doués de capacités surnaturelles, censées les protéger des « monstres ».

un soir, jacob trouve son grand-père mortellement blessé par une créature qui s'enfuit sous ses yeux. bouleversé, jacob part en quête de vérité sur l'île si chère à son grand-père. en découvrant le pensionnat en ruines, il n'a plus aucun doute : les enfants particuliers ont réellement existé. mais étaient-ils dangereux ? pourquoi vivaient-ils ainsi reclus, cachés de tous ? et s'ils étaient toujours en vie, aussi étrange que cela puisse paraître...